Cơ chất dùng nuôi cấy hoặc trồng nấm cũng có thể là thức ăn cho nhiều loại vi sinh vật khác. Trong đó, vi khuẩn và nấm mốc có tốc độ sinh sản nhanh, đặc biệt bào tử nấm mốc phát tán rộng nên khả năng lây nhiễm của chúng thường nhiều hơn. Ở đa số trường hợp ghi nhận được, thì nấm trồng có khả năng ức chế một phần mầm bệnh, thậm chí bao chụp lên vết bệnh và vẫn ra tai nấm bình thường, tất nhiên sản lượng nấm sẽ giảm sút so với không bệnh. Nếu trường hợp nhiễm kèm theo ẩm độ nguyên liệu cao hoặc pH acid (chua) có thể ức chế tơ nấm ăn lan và bệnh phát triển gây hư hỏng toàn bộ cơ chất. Hoặc nhầy nhớt (nhiễm trùng) hoặc đổi màu từng vùng hay biến đổi đều khắp (nấm mốc), lúc này tơ nấm không mọc được và dĩ nhiên cũng không tạo được quả thể. Bảng 1: vài loài nấm mốc thường gặp trong nuôi trồng nấm Hình 1 : Cấu trúc vài loài nấm mốc gây bệnh nấm trồng Đa số trường hợp nấm mốc và vi khuẩn trở thành gây hại là làm biến đổi môi trường, tạo ra nhiều sản phẩm bất lợi đối với nấm trồng. Đối với chế biến bịch phôi có thể gặp mốc cam (Neurospora), đây là mốc hoại sinh, xuất hiện giai đoạn đầu sau cấy giống. Mốc tăng trưởng nhanh sinh tơ ăn đầy bịch phôi, tơ có màu vàng hoặc hồng. Sau đó xuất hiện khối thịt nấm màu cam qua miệng bịch hoặc vết rách trên bịch. Bệnh lây lan nhanh nên cần cô lập và dập ngay nguồn bệnh. Hình 2: mốc cam xuất hiện ở miệng bịch phôi Ngoài ra, có thể bị bệnh mốc xanh do Trichoderma. Nhóm mốc này tấn công trên bịch đã có tơ ăn đầy, thậm chí trên cả tai nấm (linh chi). Đây là mốc ký sinh và khả năng gây hại rất lớn. Nguyên nhân do quá trình di chuyển làm dập tơ nấm hoặc do khí hậu thời tiết không thuận lợi làm nấm yếu dễ phát sinh bệnh. Tác nhân gây bệnh khác có thể gặp trong nuôi trồng là nấm nhầy (exomycetes). Nấm nhầy là sinh vật chưa phải là nấm và gồm hai giai đoạn: giai đoạn động vật, nấm có dạng amib, nhưng nhìn bằng mắt thường như một đám bọt và nhầy nhớt. Vai đoạn thực vật, nấm tạo dạng rễ tre và bắt đầu sinh ra cấu trúc đặc biệt là những cọng râu tua tủa màu nâu đen (ở Stemonitis hay nấm râu) hoặc những bọc nhỏ, như quả cà tím, màu vàng đến cam (ở Arcyria)… . Nguyên nhân do vệ sinh kém, nơi trồng ẩm ướt, nhà trồng hoặc dàn kệ bằng gỗ hay nguyên liệu xử lý không tốt. Bệnh biểu hiện dạng bọt trắng hay đục sữa, nhưng phổ biến vẫn là những vết lan thành hình rễ cây màu trắng hoặc vàng. Thể sinh sản gồm các túi mang bào tử. Bệnh làm giảm chất lượng nấm và cạnh tranh một phần thức ăn, nhưng nấm vẫn có thể tạo tai và phát triển bình thường. Hình 3 : Bịch phôi bị nấm râu (nấm nhầy) Trong nuôi trồng, nhiều khi xuất hiện những nấm ngoài ý muốn, gọi là nấm dại. Nấm dại thực ra là một trong những loài nấm lớn. Chúng có sẵn trong nguyên liệu, do không khử trùng hoặc khử trùng không kỹ, bào tử tồn tại và phát sinh trở lại trên cơ chất trồng nấm. Bào tử nấm dại cũng có thể xâm nhập vào qui trình trồng nấm ở một giai đoạn nào đó. Chúng phát triển và cạnh tranh thức ăn với nấm trồng, kết quả làm sản lượng giảm và đôi khi cản trở sự phát sinh quả thể của nấm trồng. Thường gặp nhất là Coprinus (nấm đậu…). Quả thể nấm tương tự nấm rơm, tai nấm lúc non dạng búp, trưởng thành có dạng dù, nhưng mau tàn, mũ nhanh chóng chảy rữa ra thành dịch nước đen, nên còn có tên gọi là nấm gió, nấm mực hoặc hắc thủ (đầu đen)… (hình 4). Nấm phát triển tốt trên cơ chất có nhiều urê, pH thấp và độ ẩm cao, là một trong những đối tượng cạnh tranh với nấm rơm và một số loài nấm trồng khác. Hình 4: Nấm Coprinus (nấm gió, hắc thủ, đậu…) Ngoài Coprinus, nhiều loài nấm phá hoại gỗ khác, như Schizophyllum commun, Trametes sp., Poria sp., Hypoxylon sp…. Các loài này chủ yếu cạnh tranh về thức ăn với nấm trồng và thường xuất hiện khi trồng với gỗ khúc (vì không khử trùng như mạt cưa).
